COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-01 17:00:00 11.098176 11.098176 12.500681
2021-04-30 17:00:00 12.734763 12.734763 12.702924
2021-04-29 17:00:00 12.298707 12.298707 12.876582
2021-04-28 17:00:00 12.391568 12.391568 13.002340
2021-04-27 17:00:00 10.507393 10.507393 13.195541
2021-04-26 17:00:00 15.321249 15.321249 13.483501
2021-04-25 17:00:00 14.524942 14.524942 13.719712

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-01 17:00:00 10.600375 12.757550 9.751595
2021-04-30 17:00:00 9.151515 9.151515 9.610295
2021-04-29 17:00:00 11.524823 11.524823 9.715535
2021-04-28 17:00:00 9.757442 9.757442 9.644020
2021-04-27 17:00:00 4.684789 9.629844 9.676212
2021-04-26 17:00:00 10.874439 5.732861 9.519008
2021-04-25 17:00:00 9.265010 9.265010 9.722756

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-01 17:00:00 28.674352 28.674352 23.421660
2021-04-30 17:00:00 26.219512 26.219512 23.191277
2021-04-29 17:00:00 23.024523 23.024523 23.009603
2021-04-28 17:00:00 22.341697 22.341697 22.779451
2021-04-27 17:00:00 12.693935 24.047955 22.437988
2021-04-26 17:00:00 5.549390 18.756937 22.249591
2021-04-25 17:00:00 20.375000 20.375000 21.952335

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-01 17:00:00 10.439901 10.439901 12.762888
2021-04-30 17:00:00 11.539560 11.539560 12.824627
2021-04-29 17:00:00 12.643678 12.643678 12.902254
2021-04-28 17:00:00 13.941627 13.941627 12.943623
2021-04-27 17:00:00 12.332440 12.332440 13.057677
2021-04-26 17:00:00 11.419753 13.444876 13.179851
2021-04-25 17:00:00 19.032639 14.439141 13.308246

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-01 17:00:00 10.467551 10.467551 11.669755
2021-04-30 17:00:00 12.389843 12.389843 11.744667
2021-04-29 17:00:00 12.007981 12.007981 11.732355
2021-04-28 17:00:00 10.473107 10.473107 11.789631
2021-04-27 17:00:00 11.267798 12.872130 11.938776
2021-04-26 17:00:00 17.180381 12.278869 12.015887
2021-04-25 17:00:00 13.038892 13.038892 12.048897

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-01 17:00:00 20.284544 20.284544 26.049907
2021-04-30 17:00:00 34.615385 28.099885 26.518810
2021-04-29 17:00:00 20.936698 27.438341 26.842776
2021-04-28 17:00:00 16.508100 25.173566 26.515051
2021-04-27 17:00:00 23.136000 23.136000 26.700897
2021-04-26 17:00:00 35.670732 35.670732 27.190626
2021-04-25 17:00:00 30.981120 30.981120 27.670785

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-01 17:00:00 6.456283 6.456283 7.011267
2021-04-30 17:00:00 11.238293 11.238293 7.290379
2021-04-29 17:00:00 5.109139 5.109139 7.630133
2021-04-28 17:00:00 inf NaN 8.060493
2021-04-27 17:00:00 9.226190 9.226190 8.522161
2021-04-26 17:00:00 9.099181 9.099181 8.846754
2021-04-25 17:00:00 8.936377 8.936377 9.130162

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-01 17:00:00 5.720861 5.720861 5.910095
2021-04-30 17:00:00 6.330437 6.330437 5.980196
2021-04-29 17:00:00 5.380050 6.116507 6.050213
2021-04-28 17:00:00 5.860607 5.860607 6.094878
2021-04-27 17:00:00 5.114658 5.114658 6.073190
2021-04-26 17:00:00 12.294350 5.250831 6.057583
2021-04-25 17:00:00 7.483423 6.466929 6.069763

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-01 17:00:00 9.525881 9.525881 11.232291
2021-04-30 17:00:00 12.843183 12.843183 11.438768
2021-04-29 17:00:00 11.644101 11.644101 11.544304
2021-04-28 17:00:00 12.453532 12.453532 11.647007
2021-04-27 17:00:00 9.418403 9.418403 11.762261
2021-04-26 17:00:00 16.260163 9.025271 11.922242
2021-04-25 17:00:00 13.906057 13.906057 11.999213

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-01 17:00:00 10.743885 10.743885 12.892076
2021-04-30 17:00:00 11.802335 11.802335 13.102152
2021-04-29 17:00:00 13.010607 13.010607 13.312066
2021-04-28 17:00:00 13.163001 13.163001 13.463602
2021-04-27 17:00:00 10.014631 15.921726 13.531364
2021-04-26 17:00:00 11.082867 13.984962 13.893594
2021-04-25 17:00:00 13.492935 13.492935 14.256931

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-01 17:00:00 8.797554 8.797554 11.663670
2021-04-30 17:00:00 14.102564 14.102564 11.866042
2021-04-29 17:00:00 12.193191 12.193191 12.011625
2021-04-28 17:00:00 11.418816 11.418816 12.041766
2021-04-27 17:00:00 10.674964 10.674964 12.108326
2021-04-26 17:00:00 16.803279 12.494558 12.197128
2021-04-25 17:00:00 12.871287 12.871287 12.366933

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-01 17:00:00 5.317324 5.317324 5.263467
2021-04-30 17:00:00 5.131579 5.131579 5.148068
2021-04-29 17:00:00 7.047619 7.047619 5.456639
2021-04-28 17:00:00 2.790698 5.145798 5.432896
2021-04-27 17:00:00 0.967742 0.967742 5.388779
2021-04-26 17:00:00 4.747774 4.747774 5.370137
2021-04-25 17:00:00 3.892617 3.892617 5.461329

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-01 17:00:00 47.202797 5.974706 5.888660
2021-04-30 17:00:00 6.615385 6.615385 5.897647
2021-04-29 17:00:00 6.118881 6.118881 6.023675
2021-04-28 17:00:00 4.837431 4.837431 6.007800
2021-04-27 17:00:00 3.067093 4.072974 5.935619
2021-04-26 17:00:00 1.626016 5.831158 5.711734
2021-04-25 17:00:00 8.909574 8.909574 5.703361

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-01 17:00:00 20.365535 20.365535 31.145174
2021-04-30 17:00:00 34.519573 34.519573 31.625930
2021-04-29 17:00:00 37.634409 37.634409 32.426635
2021-04-28 17:00:00 42.272727 42.272727 33.466625
2021-04-27 17:00:00 31.560284 31.560284 33.608071
2021-04-26 17:00:00 15.533981 34.362934 33.953286
2021-04-25 17:00:00 30.536913 30.536913 34.412845

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-01 17:00:00 11.600684 11.600684 15.344964
2021-04-30 17:00:00 15.334517 15.334517 15.556876
2021-04-29 17:00:00 16.620669 16.620669 15.927130
2021-04-28 17:00:00 18.799493 18.799493 16.069964
2021-04-27 17:00:00 11.251687 16.987179 16.121186
2021-04-26 17:00:00 19.825480 15.647767 16.002880
2021-04-25 17:00:00 20.148331 15.646748 15.871048

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-01 17:00:00 42.529168 42.529168 35.989173
2021-04-30 17:00:00 35.612083 35.612083 37.108474
2021-04-29 17:00:00 38.212831 38.212831 37.881799
2021-04-28 17:00:00 32.871795 32.871795 38.290074
2021-04-27 17:00:00 23.208791 23.208791 38.484533
2021-04-26 17:00:00 17.427841 43.953233 37.824946
2021-04-25 17:00:00 50.376884 50.376884 37.925325

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-01 17:00:00 5.430933 5.430933 6.981709
2021-04-30 17:00:00 8.645432 8.645432 7.116375
2021-04-29 17:00:00 6.418605 6.418605 7.289167
2021-04-28 17:00:00 8.291457 8.291457 7.507255
2021-04-27 17:00:00 6.222639 6.222639 7.666214
2021-04-26 17:00:00 7.640068 4.317237 7.867732
2021-04-25 17:00:00 6.759907 9.220986 8.137662

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-01 17:00:00 10.862481 10.862481 10.796561
2021-04-30 17:00:00 10.176102 10.176102 10.774369
2021-04-29 17:00:00 10.397883 10.397883 10.916516
2021-04-28 17:00:00 10.914356 10.914356 11.087046
2021-04-27 17:00:00 9.838811 9.838811 11.219851
2021-04-26 17:00:00 13.981167 11.611992 11.458843
2021-04-25 17:00:00 16.541940 11.668958 11.570519

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-01 17:00:00 8.780536 8.780536 9.654439
2021-04-30 17:00:00 9.214150 9.214150 9.762631
2021-04-29 17:00:00 9.918914 9.918914 9.920225
2021-04-28 17:00:00 9.746835 9.746835 10.058800
2021-04-27 17:00:00 8.161351 10.258626 10.116787
2021-04-26 17:00:00 17.300469 8.499596 10.165411
2021-04-25 17:00:00 11.968918 11.968918 10.362394

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-01 17:00:00 8.743169 8.743169 11.853019
2021-04-30 17:00:00 14.598540 14.598540 12.329313
2021-04-29 17:00:00 21.534937 12.027491 12.534117
2021-04-28 17:00:00 11.251435 11.251435 12.786545
2021-04-27 17:00:00 9.846154 9.846154 12.927819
2021-04-26 17:00:00 21.739130 12.773723 13.205985
2021-04-25 17:00:00 17.706577 17.706577 13.555323

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-01 17:00:00 18.296530 30.051813 25.601403
2021-04-30 17:00:00 22.018349 22.018349 25.702543
2021-04-29 17:00:00 30.049261 30.049261 25.589648
2021-04-28 17:00:00 20.218579 20.218579 25.913514
2021-04-27 17:00:00 19.230769 19.230769 25.378763
2021-04-26 17:00:00 76.811594 29.775281 26.379946
2021-04-25 17:00:00 28.089888 28.089888 26.194727

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-01 17:00:00 20.342755 20.342755 23.582038
2021-04-30 17:00:00 20.138002 20.138002 23.977679
2021-04-29 17:00:00 24.993317 24.993317 24.196606
2021-04-28 17:00:00 24.503817 24.503817 24.740946
2021-04-27 17:00:00 21.131323 21.131323 24.776172
2021-04-26 17:00:00 19.822156 34.457206 25.381581
2021-04-25 17:00:00 26.621622 26.621622 25.540217

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 10.600375 12.757550 9.751595
Basilicata 28.674352 28.674352 23.421660
Calabria 10.439901 10.439901 12.762888
Campania 10.467551 10.467551 11.669755
Emilia-Romagna 20.284544 20.284544 26.049907
Friuli Venezia Giulia 6.456283 6.456283 7.011267
Lazio 5.720861 5.720861 5.910095
Liguria 9.525881 9.525881 11.232291
Lombardia 10.743885 10.743885 12.892076
Marche 8.797554 8.797554 11.663670
Molise 5.317324 5.317324 5.263467
P.A. Bolzano 47.202797 5.974706 5.888660
P.A. Trento 20.365535 20.365535 31.145174
Piemonte 11.600684 11.600684 15.344964
Puglia 42.529168 42.529168 35.989173
Sardegna 5.430933 5.430933 6.981709
Sicilia 10.862481 10.862481 10.796561
Toscana 8.780536 8.780536 9.654439
Umbria 8.743169 8.743169 11.853019
Valle d'Aosta 18.296530 30.051813 25.601403
Veneto 20.342755 20.342755 23.582038

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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